Ikan yu paus adalah ikan yang mengamalkan diet pemakanan bertapis, maka ia adalah salah satu hidupan yang memilih makanannya dan pada kebiasaanya hanya memakan hidupan mini dan bersaiz seni. Salah satu dari ikan yu yang dikenal pasti mempunyai etika diet seperti ini selain ikan yu basking dan ikan yu mulut gergasi. Ia biasanya memakan alga-makro, plankton, udang kecil, larva ketam merah Pulau Krismas,[8] dan hidupan nekton yang kecil seperti sotong kecil, atau ikan kecil. Banyaknya bilangan gigi kecil sebenarnya tidak memainkan peranan dalam mengunyah makanan dan menangkapnya; sebenarnya ia bertindak untuk mengurangkan ruang kosong dalam mulut ikan yu ini agar lebih kemas dan gusi dan bibir tidak mudah menggelebeh. Ikan yu paus, banyak menyedut masuk air masin kedalam mulutnya, dan mengeluarkan lebihan air menerusi insangnya yang terbuka besar. Secara teknikal, ketika mulutnya terbuka air yang masuk akan membawa banyak haiwan seni masuk bersama, dan apabila keluarnya air menerusi insang, haiwan mini tersebut akan terperangkap antara penapis insang, ini memudahkan ikan yu ini hanya memakan sisa haiwan yang terlekat pada penapis insangnya (yakni bahagian dermal dentikal) yang sebaris dengan insang dan farink. Insang nipis da halus ini boleh memerangkap makanan yang bersaiz atas 2 hingga 3 milimeter (0.079 hingga 0.118 in) dalam diameter. Bahan yang terperangkap akan terjerat di insang ketika ia menguap. Apabila yu paus batuk, ini secara mekanikal membantu paus tersebut membuang sebarang habuk dan kekotoran serta benda tersekat di insang dan kerongkong nya. Ikan yu paus adalah pemigrasi (penghijrah) dan berupaya untuk mencari makanan dan bertelur.[3][9][10]

Ikan yu paus adalah pemakan yang aktif, dan biasanya haya mencari dan memakan plankton, udang kecil, alga atau ikan kecil yang mempunyai kosentrasi yang tinggi. Tempat terbaik untuk mencari kawasan pemakanan adalah kawasan yang kaya dengan terumbu karang. Berbeza dengan ikan yu basking, ikan yu basking tidak boleh menyedut air dan hanya berenang bergantung kepada daya arus air yang mengalir menerusi insangnya, tetapi untuk ikan yu paus perkara ini amat mudah utuk dilakukan kerana badannya yang besar dan penyedut air selain mulut dan insangnya yang lebar dan besar.[3][9]